Pekan Penerimaan Peserta Didik Baru (PPDB) dalam hal ini dilingkup pondok pesantren disebut dengan istilah Penerimaan Santri Baru (PSB) adalah proses penerimaan peserta didik baru di lembaga pendidikan mulai dari tingkat TK sampai dengan perguruan tinggi. PPDB merupakan kegiatan wajib dan harus diselenggarakan disetiap lembaga pendidikan tanpa terkecuali. Selain itu kegiatan yang satu ini juga merupakan sebuah ekosistem pendidikan dalam menjaga keberlanjutan generasi peserta didik.
MTs Santri Perbatasan Timur sebagai salah satu lembaga pendidikan berbasis pondok pesantren juga berkewajiban melaksanakan PSB. Kegiatan PSB dibuka dalam dua gelombang. Gelombang I pada semester ganjil di tahun 2023, dan gelombang II pada semester genap di tahun 2024. Peserta PSB yang diterima oleh MTs SPT tidak hanya dari dalam Kota Merauke namun juga dari luar Kota Merauke usia SD/MI atau sederajat.
Kegiatan PSB MTs SPT terbagi menjadi dua proses yaitu pertama proses pendaftaran dan kedua proses wawancara serta tes seleksi. Pendaftaran berlangsung selama satu bulan dan dapat melalui online via call center Santri Timur dan via offline dengan datang langsung ke Pontren Santri Perbatasan Timur. Proses wawancara dan tes seleksi diadakan setelah pendaftaran dan berlangsung selama dua hari. Proses wawancara dan tes seleksi terdiri dari wawancara orang tua calon santri, wawancara calon santri, tes Al-Qur’an (tahsin dan tahfidz), tes gaya belajar, dan tes tertulis.
Setelah proses wawancara dan seleksi, asatidzah akan menentuka peserta PSB yang dinyatakan lulus beserta catatan untuk orang tua terkait apa saja yang harus disiapkan calon santri sebelum memasuki tahun ajaran baru di pondok pesantren. Tahap selanjutnya yaitu daftar ulang. Daftar ulang dilaksanakan setelah pengumuman dan kurang lebih diadakan selama dua pekan. Selama proses persiapan orang tua dan calon santri untuk menjadi keluarga Pontren SPT, pihak sekolah juga menghimbau orang tua untuk membaca dan mengamalkan kitab Ta’limul Muta’allim karya Syeikh Imam Az-Zarnuji. Hal ini sebagai upaya sekolah dalam mengajak orang tua untuk berkontribusi dalam menyukseskan pendidikan anak-anak duni dan akhirat serta untuk mendapatkan keberkahan-Nya.