Setiap tanggal 22 Oktober diperingati sebagai Hari Santri Nasional. Penetapan Hari Santri Nasional ini berdasarkan Keputusan Presiden (Keppres) Republik Indonesia Nomor 22 Tahun 2015 tentang Hari Santri. Ditetapkannya tanggal 22 Oktober sebagai Hari Santri Nasional tidak lepas dari peran santri dalam memperjuangkan serta mempertahankan kemerdekaan Indonesia. Tanggal 22 Oktober juga bertepatan dengan resolusi jihad yang dikeluarkan oleh Hadratus Syekh KH Hasyim Asy’ari seorang ulama sekaligus pahlawan nasional.
Hari Santri Nasional 2023 mengangkat tema “Jihad Santri Jayakan Negeri”. Tema tersebut berisi ajakan kepada para santri diseluruh Indonesia untuk terus berjuang membangun kejayaan negeri dengan semangat jihad intelektual di era transformasi digital. Untuk memperingati Hari Santri Nasional, Kemenag RI menghimbau kepada seluruh pondok pesantren di Indonesia untuk mengadakan upacara di daerahnya masing-masing.
Upacara memperingati Hari Santri di Merauke diadakan di lapangan kapsul waktu. Upacara ini dihadiri oleh seluruh pimpinan pondok pesantren dan seluruh santri di Merauke, termasuk Pontren Santri Perbatasan Timur. Upacara juga dihadiri oleh beberapa tokoh agama, organisasi, dan lembaga. Pembina Upacara Hari Santri, Wakil Bupati Kabupaten Merauke, Bapak H. Riduwan, S.Sos., M.Pd. dalam amanatnya menyampaikan bahwa dalam tradisi Islam, jihad intelektual adalah cara untuk membela nilai-nilai keadilan, perdamaian, dan pengetahuan. Santri sebagai teladan dalam menjalani jihad ini. Dengan buku sebagai senjata dan pena sebagai tongkat kebijaksanaan, para santri memperdalam ilmu dan menyebarkan cahaya pengetahuan.
Kegiatan Hari Santri di lapangan kapsul waktu tidak hanya diisi dengan upacara, namun juga menghadirkan penampilan-penampilan kesenian dari setiap pondok pesantren. Ada juga pameran hasil karya dan lainnya. Kegiatan Hari Santri yang diadakan setiap setahun sekali diharapkan dapat menjadi ajang silaturahim sekaligus menguatkan hubungan antar pondok pesantren di Merauke.