Setiap lembaga pendidikan baik lembaga pendidikan umum maupun agama pastilah memiliki organisasi yang beranggotakan para siswa/i atau santri/ah dari lembaga tersebut. MTHS merupakan Pengurus Organisasi Santri Perbatasan Timur. Kepanjangan MTS adalah Munadzomah Tholabatul Hudud Asy Syarqiyah.
Pelantikan MTHS angkatan pertama diselenggarakan pada 17 Muharram 1445 H atau hari Sabtu tanggal 5 Agustus 2023, bertempat di Musola Darul Afrah kompleks Pontren SPT selepas shalat isya. Acara pelantikan ini dihadiri oleh pimpinan pondok, staf, asatidzah, dan seluruh santri Pontren SPT. Pelantikan MTHS dipimpin langsung oleh Pimpinan Pontren SPT yaitu Ustadz M. Dic Hidayat Ratuloly, MPS..
Kepengurusan MTHS melibatkan santri qudama atau santri senior yang sekarang mayoritas berada di kelas 2 SMP. Selain Ketua Umum & Ketua Keputrian, struktur MTHS juga membentuk bidang-bidang lain seperti Bagian Keamanan Putra, Bagian Keamanan Putri, Takmir Masjid Putra, Takmir Masjid Putri, Bersih Lingkungan Putra, Bersih Lingkungan Putri, Perpustakaan dan Penerangan Putra, Perpustakaan Putri, Binatu Putra, dan Kesehatan Putri. Anggota pengurus MTHS terdiri dari santri mukim angkatan ketiga.
Ustadz Faiz Hazmi, selaku Pembina MTHS Putra menyampaikan bahwa tujuan dibentuknya MTHS ini adalah pertama agar santri belajar untuk menjaga dan menjalankan amanah disetiap bidang tugasnya. Kedua, santri belajar untuk mengambil keputusan dan memecahkan masalah. Ketiga, santri belajar untuk menegakkan kedisiplinan dan menjaga ketertiban lingkungan pondok pesantren.
Harapan dibentuknya organisasi santri MTHS ini adalah para pengurus MTHS yaitu para santri dapat mengambil pengalaman dan pembelajaran yang berharga dalam berorganisasi serta menumbuhkan rasa kepedulian dan rasa tanggung jawab yang tinggi dan membawa manfaat saat nanti mereka berada ditengah masyarakat. Kemudian pengurus MTHS juga dapat menjadi uswah hasanah atau contoh yang baik utk seluruh adik kelasnya, dan menjadi santri yang berbudi tinggi serta semangat untuk membangun dan memajukan pondok pesantren.