Pondok Pesantren Santri Perbatasan Timur menerima santri baru untuk pertama kalinya pada jenjang Madrasah Tsanawiyah yaitu pada tahun ajaran 2023/2024. Sudah tiga tahun berlalu dan pada tahun ajaran 2025/2026 ini adalah momen kelulusan bagi angkatan pertama MTs Santri Perbatasan Timur. Momen ini terasa istimewa karena menjadi acara pelepasan santri pertama di Pontren Santri Perbatasan Timur yang juga masih tergolong pondok pesantren seumur jagung di Merauke. Pada momen pelepasan yang pertama ini, MTs SPT meluluskan 12 orang santri dan 9 orang santriyah.

Acara pelepasan santri dilaksanakan pada hari Ahad, 21 Juni 2026 di Masjid Darul Afrah yang terletak di kompleks asrama santri ikhwan. Diikuti oleh seluruh santri kelas IX dan dihadiri oleh kedua orang tuanya dan tamu undangan. Panitia pelepasan santri terdiri dari asatidzah Pontren SPT dan dibantu oleh beberapa santri kelas VII dan kelas VIII.

Acara ini dimulai dengan penampilan paduan suara santri/santriyah kelas VIII. Lalu dilanjutkan dengan sambutan dari pimpinan pondok dan sambutan kepala MTs SPT. Ada juga penampilan dari santri/santriyah kelas IX berupa pembacaan asmaul husna dan penampilan puisi. Acara kelulusan ini ditandai dengan pengalungan medali dan penyerahan sertifikat pondok serta sertifikat tahfidz Al-Qur’an. Tidak lupa penyerahan award bagi santri/santriyah yang memenuhi kategori seperti kategori santri yang mendaftar paling pertama, santri yang balik pondok paling pertama, santri paling inisiatif di masjid, santri dengan progress terbaik, santri dengan catatan pelanggaran terbersih, hingga santri paling berprestasi.

Pelepasan santri ini ditutup dengan foto-foto serta wejangan dari umma, panggilan akrab santri/santriyah untuk Pimpinan Yayasan Santri Perbatasan Timur yaitu Ustadzah Nurul Azmi, S.K.M., MA.. Beliau berpesan bahwa jangan hanya sibuk menambah ilmu, tapi mohonlah kepada Allah agar kita diberi kekuatan untuk mengamalkannya. Sebab ilmu yang bermanfaat adalah ilmu yang membuat kita semakin taat kepada Allah. Dan ilmu dapat menjadi benteng kuat yang akan menyelamatkan pemiliknya dari jalan yang haram. Lalu beliau juga menegaskan lima hal yang harus diingat yaitu pertama, pilihlah teman yang akan membawa kebaikan. Kedua, belajarlah mengontrol emosi. Ketiga, hormatilah kedua orang tua selagi mereka masih ada dan masih peduli. Keempat, dunia internet itu tidak selalu benar. Dan kelima, kebiasaan kecil hari ini menentukan masa depan. Tanggung jawab, disiplin, jujur, dan sabar akan lebih berharga dari sekedar terlihat keren. Lalu beliau menutup wejangannya dengan ucapan cinta, “Anak-anakku, ana uhibbukum fillah.”